农产品质量内控管理系统主要供农业生产企业使用，实现企业农产品质量重点管控环节信息的智能化采集和自主核查。主要功能包括：
 基础信息维护：计量单位维护、检测方法维护、违禁品目维护、标准品目管理、检测项目维护等；
 企业文档管理：农资企业信息、农产品企业信息；
 企业纳入系统管理：审核注册企业；
 电子地图：企业分布图；
 社会公示管理：信息发布；
 系统管理：用户管理、检测单位，数据字段等。