农产品质量内控管理系统工作主要包括：按照国家或者相关的行业标准的要求对农产品质量安全进行评价鉴定检验，对农产品生产条件认定的对现有农产品进行监督抽查检验，对农产品质量进行安全预警，对由于结果分布分析评价，汇总冰编制统计报表等，同时给各级监管部门提供准确、科学、客观的质量检测数据。
1 基础信息
1.1、 计量单位维护
用户可以根据自己的权限范围查看，添加，修改删除计量单位的数据。便于用户对基本信息的监督、维护和管理。
1.2、 检测方法维护
检测方法维护是指用户把自己单位用到的检测方法的信息进行记录，如果方法有变，方便及时修改删除添加。
1.3、 违禁品目管理
建立我区投入品违禁品目库和限用投入品目录库。
1.4、 标准品目管理
按国家和行业规定，建立我区允许销售和使用的投入品标准品目录库。
1.5、 检测项目维护
检测项目维护是指用户根据自己项目的信息进行记录和维护，如果项目内容有变，方便及时修改删除添加。
2 企业档案管理
2.1、农资企业信息
生产企业的模块提供了生产企业的名称，地址，邮箱等诸多信息。用户可根据企业的所在地对该生产企业进行维护。用户可对生产企业信息的进行增加、删除、修改等操作。用户还可对查询的数据进行详细查看。2.2、农产品企业信息
农产品企业信息版块提供了农资商店的名称，地址，邮箱等诸多信息。用户可根据农资商店的所在地对该被检企业进行维护。用户可对企业信息的进行增加、删除、修改等操作。用户还可对查询的数据进行详细查看。
3 企业纳入系统管理
3.1、审核注册企业
审核企业注册会员的提交信息。提供了农资企业会员和农产品企业会员，还根据地区区分了申请会员的企业所在的省县。方便管理员进行维护。
4 电子地图
4.1、企业分布图
该版块提供了用户的类型，选择农资或农产品。下拉框的内容是选择地区的哪些企业。选择完企业以后地图就会显示企业所在的位置。便于监控。
5 社会公示管理
5.1、信息发布
各种公示公告的操作，企业可市场变化改变发布的内容和模式。对信息类别进行分类。首页的信息数据既是根据添加的分类显示的。用户可以通过修改，查询等功能管理。6 系统管理
6.1、用户管理
用户管理在用户管理中添加相应的用户，选择用户的管辖区域时，用户可以查看此管辖区域下属的所有地区。
6.2、检测单位维护
食品安全综合监管系统平台合理的划分区域进行管理，
不同区域不同的监管模式和监管数据，灵活方便的划分省市县级别，为监管部门更清晰的监管所管辖地区。
6.3、数据字段
数据字段版块把系统重复用到的字段信息封装到这里，如样品类型即农药、化肥、水果等等信息的维护。可扩展性强。便于维护。